| Resumo: | A evolução das tecnologias permitiu ao homem explorar diversas áreas de forma mais eficiente e rápida. Uma das áreas onde a informática e a computação têm um grande impacto é a biologia, permitindo aos investigadores resolverem tarefas de forma mais eficiente, e em tempo útil, sem recorrer à experimentação prática em laboratório. Em biologia molecular, inúmeros métodos computacionais são usados, como por exemplo, na sequenciação e anotação de genomas e também em métodos de redesenho de genes. Por sua vez, com o crescente poder computacional, procura-se realizar o maior número de tarefas no menor tempo possível, recorrendo-se para isso a diversas metodologias de otimização. Estas podem ser apresentadas de diversas formas, desde o recurso a mais memória e melhor desempenho do hardware bem como a algoritmos mais eficientes. Esta tese procura avaliar de que forma distintos fatores associados às características de cada gene ajudam a explicar a evolução destes para o seu estado atual. Os padrões evolutivos potenciados por este estudo podem igualmente ser utilizados como motivos principais no redesenho de genes. Estas tarefas são computacionalmente dispendiosas e os tempos de execução elevados devido às muitas combinações de diferentes métodos que são realizadas. Para minorar este problema, esta tese apresenta também algumas soluções para otimizar os métodos de redesenho de genes, de forma a que estes obtenham os mesmos resultados num menor tempo possível.
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