Detecção de DNA microbiano em amostras clínicas e culturas bacterianas - Mendes, Ana Constança Pinheiro (2011)
As infecções do sistema circulatório constituem um campo prioritário de intervenção, com cerca de 200000 casos de bacterémia e fungémia anualmente nos EUA, com taxas de mortalidade associadas entre 20 e 50%. Os métodos convencionais de detecção de microrganismos a partir do sangue (hemocultura) atingiram um nível de desenvolvimento difícil de melhorar. No entanto, continua a ser desejável conseguir resultados com maior sensibilidade, capazes de contornar o efeito inibitório da antibioterapia empírica muitas vezes instituída previamente à colheita, em tempo clinicamente útil. Foi testado um sistema comercial de extracção, amplificação e detecção por PCR em tempo real, SeptiFast Test, (Roche), capaz de identificar 25 espécies de bactérias e fungos directamente a partir de amostras de sangue, em cerca de 6 horas. Os resultados obtidos, quando comparados com a evidência de infecção, mostraram sensibilidade semelhante à da hemocultura (67 e 68% respectivamente) e igual valor preditivo negativo (88%), no entanto o VPN do SeptiFast é limitado aos 25 microrganismos contemplados no teste molecular. A aplicação prática do teste beneficiaria da automatização do protocolo de extracção de ácidos nucleicos, sendo importante a selecção criteriosa dos pacientes testados de forma a que este seja mais vantajoso numa relação custo-benefício. O sistema SeptiFast representa um método complementar aos métodos convencionais, podendo em fornecer informação importante em tempo clinicamente útil. No que respeita à identificação de agentes bacterianos isolados em cultura, por vezes surgem dificuldades em chegar a uma identificação conclusiva pelos métodos fenotípicos convencionais. Foi implementada uma metodologia de sequenciação automática directa, usando o sistema MicroSeq 500 Bacterial Identification Kit (Applied Biosystems). Durante um ano foram estudadas 54 estirpes com perfis de identificação ambíguos pelos métodos tradicionais. Os resultados obtidos por sequenciação foram compatíveis com a suspeita clínica, ou confirmados pelos resultados do programa de controlo de qualidade externo NEQAS. A identificação por sequenciação tornou-se uma ferramenta importante no apoio à identificação bacteriana, particularmente em bacilos gram positivo, bacilos gram negativo fastidiosos, Streptococcus do grupo viridans e bactérias anaeróbias, organismos de identificação fenotípica problemática.