DNA symmetry

A investigação do DNA tem sido uma das áreas de investigação mais exploradas no último século. Desde a sua primeira descrição até à primeira sequência completa do genoma humano muito foi descoberto, mas ainda estamos longe de o compreender completamente. Neste trabalho tentámos explorar a ordem até...

Full description

Bibliographic Details
Main Author: Aparício, James Monteiro (author)
Format: masterThesis
Language:eng
Published: 2012
Subjects:
Online Access:http://hdl.handle.net/10773/8627
Country:Portugal
Oai:oai:ria.ua.pt:10773/8627
Description
Summary:A investigação do DNA tem sido uma das áreas de investigação mais exploradas no último século. Desde a sua primeira descrição até à primeira sequência completa do genoma humano muito foi descoberto, mas ainda estamos longe de o compreender completamente. Neste trabalho tentámos explorar a ordem até à qual se verifica a existência de simetria relevante em genomas, e para esse fim, usámos um conjunto de genomas de vários organismos. Tentámos encontar relação entre os vários genomas através das características de simetria. Foram analisados três tipos de simetria: simetria inversa, simetria reversa e simetria complementar. Usámos, ainda, uma nova medida para classificar a simetria: a proporção de pares equivalentes. A natureza das operações envolvidas, o tamanho da memória e a eficiência temporal são factores a ter em conta aquando do desenvolvimento de ferramentas computacionais. Várias soluções foram exploradas tendo como objectivo minimizar a memória utilizada e minimizar o tempo de execução. Confirma-se uma tendência para a existência de simetria inversa no conjunto dos genomas usados e observou-se que existe associação entre os resultados das medidas de simetria e o tamanho dos genomas.