Do proteoma salivar ao oroloma - Rosa, Nuno Ricardo das Neves (2012)
A cavidade oral humana é um ecossistema complexo onde factores do hospedeiro, microbianos e ambientais interagem num equilíbrio dinâmico que se reflecte no fluido que a envolve: a saliva. A compreensão da biologia da cavidade oral e dos distúrbios que a afectam (ou de doenças sistémicas que nela se reflectem) depende de ferramentas bioinformáticas que façam a compilação, a integração e a aplicação da informação gerada por técnicas de alto rendimento, como a proteómica, que se dedica à identificação de todas as proteínas expressas. Na última década foram determinados diversos proteomas da cavidade oral. No entanto, não existe um instrumento que permita compilar, integrar e interpretar os dados gerados. Neste sentido, este trabalho contribuiu para o desenvolvimento de uma ferramenta bioinformática que permite aos investigadores estudar a diversidade e variabilidade das proteínas que integram o proteoma oral, permitindo definir e caracterizar o oraloma (fisioma da cavidade oral). Este trabalho permitiu compilar os proteomas da cavidade oral publicados na última década e rever a informação relativa às proteínas identificadas, à luz do conhecimento actual. Este processo gerou uma grande quantidade de informação que obrigou à criação de uma base de dados para a armazenar, designada OralOme e de um portal web, designado OralCard, com funcionalidades que permitem ao utilizador pesquisar, integrar, interpretar e visualizar esses dados de forma relevante do ponto de vista biológico e clínico. O estudo das proteínas depositadas no OralOme contribuiu para a compreensão das funções moleculares das proteínas produzidas pelos vários sub-compartimentos da cavidade oral e, deste modo, para o esclarecimento do contributo de cada um deles para as funções da saliva. Neste trabalho foram, ainda, testadas as diversas funcionalidades do OralCard na análise de dados de proteómica da cavidade oral provenientes de amostras de saliva para desenvolver metodologias de análise capazes de esclarecer mecanismos moleculares envolvidos em diversas patologias e para identificar requisitos funcionais a implementar em actualizações futuras. As metodologias seguidas permitiram estudar a relação das proteínas salivares com os estados de saúde oral e sistémica e, consequentemente, salientar o potencial da saliva como fluido de diagnóstico. O desenvolvimento de ferramentas bioinformáticas como o OralCard é um importante contributo para o esclarecimento da biologia oral e para o desenho de estratégias que facilitem a identificação de biomarcadores a partir de amostras de saliva, contribuindo para o desenvolvimento de métodos de diagnóstico e de prognóstico mais eficientes e de terapêuticas mais eficazes.