Diversidade de plasmídeos no ambiente e desenvolvimento de ferramentas moleculares para a sua caracterização - Conde, Lara Torres (2017)
Os plasmídeos pertencentes ao grupo de incompatibilidade IncP-1Ԑ, são um grupo bem estudado e com grande interesse ecológico. Tal é devido a estarem associados a genes acessórios que conferem aos hospedeiros bacterianos, adaptabilidade a pressões ambientais. A incompatibilidade é a manifestação de parentesco dos plasmídeos que partilham o mesmo modo de replicação. Os genes acessórios são genes não essenciais á manutenção e replicação do plasmídeo e encontram-se na região acessória. As regiões de genes acessórios de plasmídeos deste grupo de incompatibilidade apresentam um padrão típico de inserção no backbone do plasmídeo. Nomeadamente entre os genes traC e parA e os genes trfA e klcA, que flanqueiam os genes acessórios. Este trabalho teve como um dos objetivos desenvolver e otimizar uma ferramenta que possa ser aplicada em DNA plasmídico proveniente de uma amostra ambiental, para analisar as regiões variáveis em plasmídeos e procurar novos genes ou seguir o curso dos genes deste grupo de plasmídeos. A região variável é a região acessória, onde se encontram os genes acessórios. Esta região é delimitada por genes flanqueadores. Com este estudo foi possível verificar que os primers (EtraC_fw e EparA_rev) e (EtrfA_fw e D/EklcA_rev) desenhados amplificam a região acessória dos plasmídeos do subgrupo de incompatibilidade IncP-1Ԑ. A diversidade e evolução de plasmídeos depende intimamente das condições ambientais do hospedeiro bacteriano. As pressões seletivas sentidas contribuem para o fluxo de genes e a sua diversidade. Considerando a importância dos detalhes ecológicos, um dos objetivos deste trabalho foi o de procurar completar a informação dispersa e muitas vezes ausente na base de dados do NCBI. Esta informação inclui detalhes sobre o ano de isolamento, o local de isolamento (país e cidade) e o ambiente de isolamento original. Com este estudo foi possível concluir que das 4 302 sequências de plasmídeos analisadas, os ambientes mais estudados são o clínico, os alimentos e os solos. Proteobacteria, Firmicutes e Spirochaetes, foram os filos mais estudados. A partir das 210 sequências analisadas de plasmídeos cujos hospedeiros bacterianos se encontram em ambientes extremos, foi possível concluir que os ambientes extremos mais estudados se encontram no solo e em água (doce e salgada), estes foram assim destacados devido a parâmetros ambientais, como o pH, a temperatura, a radiação e extremos químicos. Proteobacteria, Deinococcus-Thermus e Firmicutes, foram os filos mais encontrados em ambientes extremos.