Automatic system for approximate and noncontiguous DNA sequences search - Gaspar, Manuel Augusto Ribeiro (2018)
A capacidade de efectuar pesquisas de sequências de ADN similares a outras contidas numa sequência maior, tal como um cromossoma, tem um papel muito importante no estudo de organismos e na possível ligação entre espécies diferentes. Apesar da existência de várias técnicas e algoritmos, criados com o intuito de realizar pesquisas de sequência, este problema ainda está aberto ao desenvolvimento de novas ferramentas que possibilitem melhorias em relação a ferramentas já existentes. Esta tese apresenta uma solução para pesquisa de sequências, baseada em compressão de dados, ou, mais especificamente, em modelos de contexto finito, obtendo uma medida de similaridade entre uma referência e um alvo. O método usa uma abordagem com base em modelos de contexto finito para obtenção de um modelo estatístico da sequência de referência e obtenção do número estimado de bits necessários para codificação da sequência alvo, utilizando o modelo da referência. Ao longo deste trabalho, estudámos o método descrito acima, utilizando, inicialmente, condições controladas, e, por m, fazendo um estudo de regiões de ADN do genoma humano moderno, que não se encontram em ADN ancestral (ou se encontram com elevado grau de dissimilaridade).