| Summary: | A implementação da Directiva Quadro da Água tem levantado importantes questões relativas aos aspectos metodológicos da amostragem das comunidades bentónicas, tendo sido feitas várias tentativas no sentido de estandardizar as estratégias de amostragem, especialmente em águas de transição. Este estudo pretende abordar esta questão através da comparação das comunidades de macrofauna amostradas com dois métodos distintos, corer e sacos de folhas. O trabalho foi realizado no Mediterrâneo e no Mar Negro, em 10 ecossistemas de transição, distintos, sobretudo, ao nível da salinidade e tipologia de habitat. No conjunto, foram amostrados 172 taxa dos quais, 49 apenas com corers e 52 apenas com sacos de folhas. Setenta e um taxa foram comuns a ambos os amostradores. Os artrópodes são comuns aos dois amostradores, sendo dominantes nos sacos de folhas, enquanto os anelídeos caracterizam os corers. A riqueza taxonómica média por amostra foi de 4,5 nos corers e 5,2 nos sacos de folhas. Quer os corers quer os sacos de folhas apresentaram padrões semelhantes no que diz respeito às principais características estruturais da comunidade. Dos sistemas oligohalinos (<5 ‰) para os sistemas euhalinos (>30 ‰), a diversidade taxonómica (H') e a similitude de Bray-Curtis mostraram o mesmo padrão de variação. Apesar destas semelhanças, as comunidades de macrofauna bentónica amostradas com os dois dispositivos mostraram diferenças significativas que não foram relacionadas, ao nível da escala eco-regional, com o gradiente salino ou a tipologia do habitat. As diferenças entre os amostradores mantiveram-se significativas quando a análise foi realizada com base em índices bióticos, entre os quais alguns índices de qualidade ecológica. Os resultados obtidos no presente trabalho têm implicações na avaliação e monitorização do estado ecológico dos sistemas de transição, pondo em evidência o facto dos corers e dos sacos de folhas recolherem amostras caracterizadas por diferentes espécies. No entanto, a diferenças entre as lagoas mostrou-se mais importante do que a diferença entre ecótipos, isto é, grupos de salinidade.
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