Genômica comparativa de Francisella noatunensis subsp. orientalis - Lucas Amorim Goncalves (2019)
As espécies de Francisella são caracterizadas por serem bactérias intracelulares facultativas que causam uma variedade de infecções em animais terrestres e aquáticos. Nesse gênero, Francisella noatunensis subsp. orientalis (FNO) apresenta uma grande importância por ser um patógeno emergente de peixes, associado a surtos em fazendas de cultura de tilápia-do-nilo. Apesar de a doença causada por FNO apresentar uma alta taxa de mortalidade durante os surtos e ter sido relatada em diversos países, as relações filogenômicas entre os isolados de diferentes países, a história evolucionária deste patógeno e diversos outros aspectos acerca da sua caracterização genômica ainda são pouco conhecidas. Neste contexto, análises de genômica comparativa foram realizadas afim de auxiliar no maior conhecimento dessa espécie de claro interesse epidemiológico. Para tanto, foram sequenciadas, montadas e curadas manualmente 18 linhagens de F. noatunensis subsp. orientalis isoladas de surtos em fazendas de cultivo de tilápia-do-nilo no Brasil. Em seguida, foram utilizados os softwares Gegenes, Mauve, BRIG, Gipsy e o módulo Genome Comparator do banco de dados BIGSdb para a realização de análises de filogenia, sintenia, plasticidade genômica e polimorfismo. Em todas essas análises foram incluídas outras subespécies de Francisella e linhagens de FNO disponíveis no NCBI. Além disso, foram feitas buscas por genes possivelmente envolvidos na resposta a estresses ambientais. Desse modo, foi observado que as linhagens de FNO são altamente clonais e que provavelmente a chegada da doença ao país se deu pela entrada de uma única linhagem. Foram também preditas oito ilhas genômicas, sendo seis consideradas ilhas de patogenicidade. Por fim, a busca por genes potencialmente envolvidos na resposta a estresses ambientais indicou uma série de genes candidatos a um estudo mais aprofundado para o desenvolvimento de drogas.